Après les pré-traitements et généralement une étape de décantation primaire, les eaux usées sont traitées sur un étage de biofiltre.
Ce traitement consiste à faire transiter les eaux usées dans une cuve contenant un matériau filtrant immergé, support de développement d'un film biologique. Le film biologique permet donc l'assimilation de la pollution et la filtration de la boue produite d'où le terme "biofiltre". Les besoins en oxygène sont assurés par insufflation d'air (air procédé). Plusieurs fois par jour, un lavage à l'eau traitée (eau de lavage) et à l'air (air de lavage) est nécessaire pour éviter le colmatage et pour éliminer les boues en excès.
Les eaux sales retournent en tête de traitement afin que les boues biologiques soient piégées dans le décanteur primaire.
